Sinergi Bea Cukai dengan lembaga dan instansi pemerintah, sebagai bentuk kolaborasi antar aparat penegak hukum, dan lintas kementerian atau lembaga.
Hal ini selaras dengan tugas dan fungsi, tentang pengawasan lalu lintas barang yang keluar-masuk Indonesia, dan pengamanan keuangan negara.
Dengan sinergi dan kolaborasi yang semakin baik, akan tercipta kesepahaman dalam pelaksanaan tugas masing-masing instansi.
Khususnya, dalam upaya bersama meningkatkan pengamanan penerimaan negara, dan menjaga keamanan negara dari masuknya barang-barang berbahaya.
